Хотелось бы инициализировать @ run-time по мере необходимости со строкой соединения, полученной из источника не app.config
для Subsonic 3 я думаю, что ответ на дозвуковом сайте уже готов
http://subsonicproject.com/docs/3.0_Multiple_Databases
Также, если вы посмотрите на создание шаблона, вы увидите, где вызывается строка подключения.
Для дозвукового 2 существует аналогичный способ: в большинстве случаев строка соединения может использоваться для запроса данных.