Мне неизвестна какая-либо внутренняя возможность NServiceBus связывать дополнительные данные с внешним сообщением.
Я думаю, что вы правы - если вся полезная нагрузка не умещается в пределах лимита, то лучше сохранить ее в другом месте самостоятельно, а затем передать идентификатор.
Однако для вас может оказаться возможным спроектировать структуру сообщения таким образом, чтобы сообщение могло реализовывать интерфейс IHasPayload (который, возможно, включал бы идентификатор и тип?), И тогда логика вашего приложения могла бы иметь общий метод получения полезная нагрузка с сообщением IHasPayload.