Во-первых, помните, что предупреждения не являются индикаторами ошибок. Они здесь, чтобы привлечь внимание разработчиков к вещам, которые могут указывать на ошибки, и ничего больше.
Если код работает, количество отправленных предупреждений в значительной степени не имеет значения.
Если вы хотите быть осторожнее, посмотрите на предупреждения: связано ли какое-либо из них с поведением, определяемым реализацией, которое по-разному обрабатывается VS и GCC? Если это так, у вас могут быть проблемы. Но пока предупреждения касаются вещей, которые обрабатываются одинаково обоими компиляторами (например, целочисленные / двойные преобразования), их можно игнорировать.
Насколько я помню (некоторое время назад я компилировал SQLite для VS без предупреждений о глушении), практически все предупреждения касаются неявных преобразований между встроенными типами, которые абсолютно безопасны, если разработчик знает происходит.
SQLite прекрасно работает на VS, хотя. Библиотека широко используется многими крупными проектами. Это проверено довольно широко.