Лучший способ - сохранить два сервера. Одним из них является ваша производственная среда (купленная установлена где-то в стойке). Второе - ваша среда разработки (виртуальная машина под управлением Linux, в основном копия рабочего сервера).
Вы должны заниматься разработкой дома, используя любой редактор / IDE, который вас порадует (я рекомендую PHPDesigner). MySQL Workbench отлично подходит для создания / редактирования вашей базы данных MySQL.
Копировать изменения так же просто, как rsync для файлов и MySQL Table Export для таблиц.
Я также рекомендую запускать сервер SubVersion на компьютере разработчика, чтобы вы могли сохранять устаревшие версии своей работы (даже если вы делаете это самостоятельно).