Сериализация InputStream - не очень жизнеспособное решение. Чтобы проиллюстрировать это, представьте, что у вас есть InputStream из сокета и вы его сериализуете. Прежде чем десериализовать его, сокет закрывается. Теперь, когда вы на самом деле десериализовали его, ресурс исчез, и у вас в руках неприятное исключение.
Что вам лучше сделать, если вам нужно сериализовать ресурс, так это сериализовать его местоположение или узнать, как его получить. В примере сокета: имя хоста и порт, для файлов: путь к файлу и т. Д.