Да. Вот ссылка на хорошую статью в блоге о том, как это сделать: Выполнение системных команд на Java .
Суть в том, что вам нужно сделать следующее:
// run the Unix "ps -ef" command
// using the Runtime exec method:
Process p = Runtime.getRuntime().exec("ps -ef");
Вы можете в значительной степени поместить туда любую команду, но единственное, с чем я столкнулся, - это знать о системных переменных среды, таких как PATH, в которых вы запускаете JVM.