Один из способов сделать это, поскольку вы уже используете jQuery на странице, это получить высоту изображения для каждого изображения, вычесть ее из высоты карусели и применить верхнее поле, равное половине этого значения, изображение или родителю li.
Примерно так:
$('#carousel img').each(function() {
marginTop = ($('#carousel').outerHeight(false) - $(this).outerHeight(false)) / 2;
if(marginTop > 0) {
$(this).css({'margin-top':marginTop});
}
});
Вам нужно настроить #carousel с использованием фактического идентификатора, который вы используете, но он должен работать следующим образом.