Если у вас есть классы, названные одинаково, но не разделяющие одну и ту же функциональность, просто используйте разные пути к классам для каждого (например, com.game. * Com.minigame. *), Это позволит избежать всех конфликтов.
В основном, если класс, названный одинаково в нескольких SWF-файлах, будет использоваться только тот, который загружен первым.
С другой стороны, если вы действительно хотите совместно использовать одни и те же классы между обоими SWF-файлами, убедитесь, что вы включаете их только в основной SWF-файл (вы можете выбрать включить / исключить в настройках публикации Flash IDE или в компиляторе настройки Flex SDK). Это сделает весь процесс загрузки немного легче, и вы избежите странных ошибок, связанных с конфликтом.