Вы можете "обмануть" и объявить jsp
как расширения, которые не будут фильтроваться.
...
<configuration>
<archiveClasses>true</archiveClasses>
<filters>
<filter>src/main/filters/config.properties</filter>
</filters>
<nonFilteredFileExtensions>
<!-- default value contains jpg,jpeg,gif,bmp,png -->
<nonFilteredFileExtension>jsp</nonFilteredFileExtension>
</nonFilteredFileExtensions>
...
</configuration>
Но это глобальные настройки, то есть они влияют на все наложения, я не знаю, как вы могли бы исключить только их.