WinMo является платформой, построенной на CE. По сути, это новая оболочка и несколько «специальных» API (ни один из которых вы не можете обойтись без WinMo, так что это не совсем волшебство). У WinMo есть определенный набор приложений, библиотек и т. Д., Поэтому он более стандартизирован, и если вы хотите запускать свое приложение на нескольких устройствах, может принести пользу вам в этом направлении (но в этом конкретном случае я сомневаюсь, что это будет вам очень).
Если у вас нет особых потребностей в WinMo, обязательно используйте универсальную Windows CE. Таким образом, вам не придется постоянно бороться с оболочкой и платформой WinMo. Конечно, проще заставить устройство СЕ вести себя само.