MSBuild может работать медленнее в проектах VC. Для их построения нужна гимнастика, потому что они не в формате MSBuild и не могут получить много параллелизма. Вместо этого попробуйте запустить VS в командной строке - devenv.exe / build - если вам нужна производительность. Или обновитесь до VS2010, потому что проекты VC изначально созданы MSBuild, и вы вернете свою производительность. Обычно это будет быстрее, чем VS.
Конечно, убийственный способ получить скорость сборки - это построить только то, что изменилось, и полагаться на инкрементную сборку. В большинстве случаев большинство разработчиков должны делать быстрые инкрементные сборки.
Dan