Есть ли причина не использовать встроенные пользовательские параметры конфигурации ?
С точки зрения предотвращения перезаписи этих файлов, я не думаю, что есть способ сделать это с настройкой MSI по умолчанию.
Хотите ли вы объединить параметры конфигурации, уже установленные на машине, с теми, которые установлены, и обновить файл конфигурации любыми параметрами, которых нет на машине? или вы просто хотите избежать перезаписи этих файлов и установки других частей приложения?
Самым простым вариантом, который я могу придумать, было бы вообще не иметь конфигурационные файлы в установщике, а приложение обрабатывать этот случай и создавать их, если оно не может их найти.
В противном случае вам, вероятно, потребуется выполнить какой-либо сценарий после установки, который изменяет или устанавливает файлы конфигурации, если они не существуют.
Следует отметить, что мои знания о MSI далеко не исчерпывающие, поэтому можно было бы не перезаписывать определенные файлы.