Я предпочитаю делать это наоборот, поскольку у вашего пользователя может быть много связей, а не номеров телефонов, поэтому все это хранится в одном месте ...
В вашем Пользователе :
relations:
Phonenumber:
class: Phonenumber // model name for relation
local: id // key in this table
foreign: id // key in the referenced table
type: many // User has MANY phonenumbers
foreignType: one // Phonenumber has ONE user
alias: Phonenumber // What a user calls Phonenumber
foreignAlias: User // What a Phonenumber calls User
Учитывая, что вы объявляете "id" для обеих таблиц вместо того, чтобы Doctrine позволяла их автоматически создавать, вам может потребоваться включить "local" и "Foreign" ... еще не проверено.