Это зависит от ваших данных.Как определить, для какой таблицы предназначена строка?Если вы можете определить, какая таблица основана на данных в строке, то это довольно легко сделать с помощью WHEN.
LOAD DATA
INFILE bunchotables.dat
INTO TABLE foo WHEN somecol = 'pick me, pick me' (
...column defs...
)
INTO TABLE bar WHEN somecol = 'leave me alone' (
... column defs
)
Если у вас есть какая-то строка заголовка, которая определяет целевую таблицу, тогда выпридется разделить его перед использованием другой утилитой.