Я полагаю, вы обновляете позицию окна, когда окно закрыто? Есть несколько решений, если это так.
1) Сохраните положение окна в другом событии, например, когда размер окна изменяется или перемещается.
2) Перед сохранением позиций X и Y проверьте, свернуто ли окно.
Пример:
switch (this.WindowState)
{
case WindowState.Maximized:
// don't update the X,Y
break;
case WindowState.Minimized:
// don't update the X,Y
break;
case WindowState.Normal:
// DO update the X,Y
break;
}