Насколько я могу судить, ruby не удаляет эти двойные кавычки из вашей командной строки. Оболочка использует их для интерполяции содержимого в виде строки и передачи их в ruby.
Вы можете получить все, что получает рубин, вот так:
cmd_line = "#{$0} #{ARGV.join( ' ' )}"
Зачем вам нужно знать, что в кавычках? Можете ли вы использовать какой-либо другой разделитель (например, ':' или '#')?
Если вам нужно, вы можете передать двойные кавычки в ruby, избегая их:
$> ruby test.rb command "\"line\"" arguments
Приведенная выше переменная cmd_line
получит следующую строку в этом случае:
test.rb comand "line" arguments