У меня также была эта проблема, и я не хочу отключать удаленную отладку.
После бесплодных попыток многих различных комбинаций конфигурации я попытался удалить свой проект Eclipse и воссоздать его. Теперь проект отлично отлаживается!
Полагаю, мой проект (большой и довольно старый) как-то поврежден или запутан. Я попробовал это только потому, что новый проект хорошо отлаживался, поэтому я был почти уверен, что мои настройки верны. Надеюсь, это кому-нибудь поможет.
Обновление:
Вы также получите сообщение об ошибке, если пропустите путь включения проекта в настройках проекта: PHP Включить путь> Источник.