Как сказал Джон, ожидайте очень мало проблем. Когда я обновил свои проекты, просто чтобы быть в безопасности, я удостоверился, что «целевая версия фреймворка» была установлена на .NET 2.0, затем я перестроил их под 2008 / .NET 3.5 и выпустил обновление.
Как только я был рад, что все работало, я обновил целевую версию фреймворка до 3.5 и продолжил работать в обычном режиме, а затем вытолкнул эти обновления, как только они были готовы.
Очевидная сноска: если вы используете ClickOnce, убедитесь, что на всех целевых машинах включен .NET 3.5, прежде чем обновлять проекты ClickOnce для использования 3.5, поскольку они даже не загружаются в .NET 2.0. Не уверен, что это так для приложений, но я предполагаю, что так.