Даже если вы не можете сериализовать его в двоичный файл, очевидно, все еще быстрее загружать конфигурацию, если вся конфигурация содержится в одном XML-файле. Как-то связано с сериализацией и конкатенацией нескольких файлов конфигурации XML. Я лично не пробовал, но стоит попробовать.
Другой подход заключается в использовании FluentNH. Он по-прежнему генерирует потоки XML на бэкэнде, но я считаю, что он не записывает их, поэтому нет никаких операций объединения или чтения файлов.
Наконец, я считаю, что Fabio работает над встроенной свободно конфигурируемой для NH3.0, которая не будет включать в себя какую-либо сериализацию XML.
http://fabiomaulo.blogspot.com/2010/02/conform-nhibernate-un-mapping.html