Редактировать: упс, я вижу, вы уже включили сценарии. Возможно, это связано с контекстом, в котором работает MSBuild. Вы используете MSBuild в качестве учетной записи локального сервиса?
Edit2: ясно, что сообщение об ошибке обманчиво. Происходит что-то еще, и выдается ошибка политики выполнения, но не по ожидаемой причине. Возможно, как способ изолировать, попробуйте создать другую задачу MSBuild, которая запускает ту же строку, но с более короткими, жестко закодированными путями вместо /../../../
bonanza выше?