Поскольку вы не получаете никаких ответов, я предложу ограниченное предложение. Я использую NetBeans, но не для автоматической загрузки, как вы делаете, поэтому я могу быть далеко отсюда.
Похоже, вам нужно либо изменить свой проект, чтобы иметь большую структуру каталогов, которая будет содержать все, чтобы все работало так, как вы этого хотите. Можете ли вы подняться на один или два уровня в структуре каталогов и добавить соответствующие папки в вашем локальном проекте для соответствия?
Другой вариант может состоять в том, чтобы создать второй проект для каталога javascript и настроить его на запуск в случае необходимости. Вы можете создать «группы проектов» в представлении проекта, которые вы можете использовать для их объединения. Я знаю, что это, вероятно, не идеально, но, надеюсь, проще, чем делать ваши загрузки вручную.