Мы используем Drupal, который всегда пропускает закрывающий тег и никогда не имел проблем из-за него.
Поскольку он всегда работал для Drupal (и я знал, что, читая руководство, это было необязательно), я однажды создал файл конфигурации (который содержал только код PHP) без закрывающего тега. По некоторым причинам это не работало, пока (по настоянию коллеги) я не добавил закрывающий тег. В то время мы не пытались выяснить причину.
Я всегда использовал закрывающий тег в коде, который я пишу; он выглядит более симметрично, концептуально «закрывает» открывающий тег, и я всегда стараюсь не оставлять лишних пробелов после закрывающего тега.