Разница между этими библиотеками огромна.
Библиотека OpenCV имеет множество функций обработки изображений для решения различных задач, которые часто встречаются в компьютерном зрении.
Библиотека GIL не имеет таких алгоритмов вообще. Он предоставляет простые и строго типизированные интерфейсы для работы с различными форматами изображений (BGR, CMYK и т. Д.) И все. Конечно, вы можете написать свои собственные алгоритмы обработки изображений, которые работают с типами GIL. Но если вы хотите работать с дескрипторами функций, ключевыми точками, сегментацией изображения и т. Д. - GIL не является хорошим выбором. ИМХО.