Да, если оба источника данных могут быть зачислены в одну транзакцию (т. Е. Поддерживают XA). Просто создайте два отдельных ресурса и свяжите их с отдельными объектами DataSource.
@Resource
private DataSource ds1;
@Resource
private DataSource ds2;
public void businessMethod() {
// ...use ds1 and ds2...
}
К сожалению, создание источников данных и привязки EJB зависят от поставщика, поэтому на самом деле невозможно привести пример, если вы не упомянете, какой сервер приложений вы используете.