Компилятор не будет иметь значения, когда вы перейдете во время выполнения. Java компилируется в байт-код, и вывод не зависит от архитектуры, используемой для запуска компилятора.
Вы можете видеть разные времена компиляции между 32-битным и 64-битным компилятором, так же, как вы можете видеть разные времена выполнения между 32-битной и 64-битной (но JRE, а не JDK). Это зависит от того, насколько хорошо они были оптимизированы для этой архитектуры (x86 / x64), но одна не влияет на другую (медленная компиляция не означает, что выполнение будет медленным или наоборот).
(Конечно, это предполагает, что два компилятора отличаются только по битности, и что они не применяют разные наборы оптимизаций или иным образом делают некоторые вещи немного по-разному.)