Это не совсем понятно, но если вы говорите о синтаксическом анализе XML-файла, чтобы делать с ним все, что вам нужно, в Java (а также хранить его в базе данных), вам придется сделать уже готовый выбор:
- с использованием DOM парсера
- с использованием SAX парсера
оба охватываются здесь только для того, чтобы дать вам пример, но посмотрите документацию для лучшего объяснения.