В принципе, нет проблем с такой работой. Я видел людей, использующих SVN удаленно и Git локально (немного хитро, но можно заставить работать), аналогичным образом.
Похоже, что у вас возникают проблемы с большими слияниями - это не изменится, если вы все будете использовать TFS и будете выполнять слияние раз в неделю / месяц и т. Д.
Вам необходимо объединять часто , ежедневно, если не чаще, чтобы минимизировать конфликты слияния. Перед тем, как объединить свой код, получите последнюю информацию от клиента и устраните проблемы.