Даже если вы ориентируетесь на .NET 2.0 при использовании Visual Studio 2008 (как это делала Visual Studio 2005), вы все равно используете новый компилятор, который поставляется с Visual Studio 2008. Размеры файлов будут разными из-за разного компилятора.
В качестве примера некоторых отличий версия msbuild, поставляемая с Visual Studio 2008, теперь предлагает параметр / m, который позволяет компилятору оптимизировать время сборки, используя несколько ядер ЦП.
Как ответил Даниэль Роуз, новый компилятор предложит больше оптимизаций. Вы по-прежнему можете использовать такой инструмент, как Reflector, чтобы убедиться, что IL одинаков между библиотеками DLL.