Причина, по которой вы это видите, в том, что вы сбрасываете пул приложений, тем самым сбрасывая все сеансы.
Самым чистым маршрутом будет разгрузка вашего сеанса на сервер состояний сеанса или минимизация использования вами сеанса.
Одним из способов решения этой проблемы является то, что если вы не можете разгрузить сеанс, это всегда развертывать его в новом виртуальном каталоге. Ваш общедоступный URL-адрес затем перенаправляется на последнюю версию. Все пользователи, которые уже вошли в систему, продолжат использовать более старую версию, но все новые пользователи будут использовать новую версию.