Я бы посоветовал установить на вашем сервере скрипт PHP, который позаботится о разборе этих папок, и вернуть список файлов во Flash (с действительным общедоступным URL).
Обычно при запуске приложения вы вызываете PHP-скрипт для получения полного списка файлов (XML - это хороший формат для возврата, или AMF, если у вас много папок / файлов).
После всего, что вам нужно сделать, это манипулировать этими данными для загрузки любой папки / файлов, которые пользователь желает увидеть.
Только для вашей информации, Flash не имеет доступа к файловой системе, поэтому невозможно анализировать папки непосредственно из Flash. (Однако это возможно с применением воздуха)