По умолчанию NetBeans использует время настенных часов («абсолютное») для всех временных расчетов метода. Подход с использованием процессорного времени доступен, но в настоящее время только в Solaris. Если требуется время ЦП, его можно включить в области «Дополнительные настройки» в окне «Присоединить профилировщик». (Опция называется «Использовать потоковый таймер ЦП (только для Solaris)».)
Независимо от того, какая настройка таймера выбрана, эта настройка применяется глобально ко всем классам / методам. (Для сравнения, YourKit позволяет вам синхронизировать определенные методы с использованием процессорного времени, а другие - с использованием настенных часов.)
Обратите внимание, что независимо от режима таймера NetBeans корректирует информацию о времени, чтобы учесть накладные расходы профилировщика.
Что касается ввода / вывода: при настройке по умолчанию (настенные часы) время метода теоретически будет включать время, затрачиваемое на блокировку операций ввода / вывода.
Более подробную информацию о параметрах таймера можно найти по адресу http://wiki.NetBeans.org/FaqProfilerUsingTimers.. Мне показалось полезным ознакомиться с этой страницей вместе с http://wiki.netbeans.org/FaqProfilerSampledInstrumentation,, в котором описано, как работает инструментарий в режиме «Точное дерево вызовов и синхронизация» и режим «Точное дерево вызовов, выборка по времени».