Сначала я бы почистил твой код. Вам не нужны php теги, вы используете smarty:
{if substr($url,0,4) neq 'http'}
section 1
{else}
section 2
{/if}
Это не проверено, но должно быть довольно близко ..
Теперь, если вы пытаетесь прочитать что-то вроде константы, например, серверную переменную, такую как HTTP_HOST, вы можете сделать что-то вроде этого:
{assign var='url' value=$smarty.server.HTTP_HOST}
{if substr($url,0,4) neq 'http'}
section 1
{else}
section 2
{/if}