Сценарий выглядит нормально, проблема может быть в том, что вы запускаете его в URL. Вместо этого используйте событие click.
Кроме того, вы можете использовать атрибуты href и target в ссылке, чтобы сделать ее изящной. Таким образом, ссылка, по крайней мере, откроет страницу, даже если в браузере отключен Javascript:
<a href="../Terms.aspx" target="Terms" onclick="window.open(this.href,this.target,'width=550,height=400');return false;">
click here</a>