Вы не можете помешать клиенту A и клиенту B видеть методы друг друга, потому что все они определены в одном договоре.
Однако вы можете не допустить, чтобы Клиент A и Клиент B вызывали методы друг друга, используя механизмы безопасности WCF.
В качестве альтернативы, вы можете иметь две отдельные службы, каждая из которых уникальна для клиента.
Редактировать
Чем больше я об этом думаю, тем больше я предпочитаю отдельные варианты услуг для такого сценария. Если у вас есть методы специфичные для каждого клиента, у вас все равно есть отдельные сервисы, каждый из которых специфичен для конкретного клиента.