Все, что работает, дает хорошую производительность и требует наименьшего количества кода.
Сериализация Java проста. Должно быть быстрым, если у вас нет больших графов объектов. Это может не сработать, если вы когда-нибудь захотите взаимодействовать с другим языком или хотите, чтобы файл был удобочитаемым / editabl Это может быть хрупким.
XML обращается к многоязыковому взаимодействию, может быть прочитано и отредактировано людьми. Если вы используете Java, Jaxb очень, очень легкий и быстрый. Если вам нужно сохранить множество настроек, может потребоваться SAX / StAX. Возможно, вы захотите использовать DOM / JDom в очень странных обстоятельствах.
Если есть много настроек, которые вы хотите сохранить и запросить, опция встроенной базы данных SQL. Я рекомендую H2.