Шифрование не принесло бы вам большой пользы.
По сути, независимо от того, какой уровень шифрования вы добавляете, сам исполняемый файл должен иметь возможность выполнять расшифровку для запуска сценариев. Вы закрываете дверь, но оставляете ключ в замке. Это неизбежно.
Что делает шифрование, так это то, что оно несколько повышает планку доступа к данным. Это требует некоторых навыков разборки. Простое встраивание файлов в исполняемый файл уже отфильтровывает случайного не очень хорошего хакера. Те, кого не пугает такое встраивание, также могут следовать пути обработки данных, находить логику дешифрования и выкачивать дешифрованный код по желанию. Уровень шифрования может также повысить чувство важности: то, что было зашифровано, безусловно, стоит. Следовательно, слишком забавные вещи могут только усугубить вашу ситуацию, а не улучшить ее.
С другой стороны, встраивание файлов в исполняемый двоичный файл, вероятно, является хорошей идеей. Это избавило бы от необходимости находить их во время выполнения в файловой системе (известно, что во время выполнения поиск вещей в системах Unix несколько сложнее, чем в Windows из-за жестких ссылок: в Windows исполняемый файл может легко получить свой собственный путь, но в Unix наличие жестких ссылок означает, что путь к исполняемому файлу не определен).