Как подсказал Тим, вывод на консоль (stdout) ОЧЕНЬ дорогой.
Я предлагаю перезапустить ваш тест, перенаправляя вывод консоли в отдельный файл журнала для каждого процесса. Если возможно, уменьшите детализацию вывода в другом тестовом прогоне.
Помимо этого, есть и другие очевидные возможности: существенно ли отличается оборудование, запущены ли другие основные процессы, есть ли общий ресурс, который находится в состоянии конкуренции?
Кроме очевидного, ищите неочевидную конкуренцию за ресурсы, такую как общий файл.
Но основная область, на которой я бы посмотрел, состоит в том, есть ли существенная разница в том, как ваш код компилируется для двух сред ОС - интересно, подвергается ли ваш код на Фортране каким-то особым штрафам при работе в Vista, например как режим совместимости. Посмотрите, насколько хорошо поддерживается Vista и можете ли вы ориентироваться на компиляцию для Vista. Также ищите тех, кто сообщает о похожих проблемах, таких как сообщения об ошибках, запросы функций и т. Д.