Возможно ли, что ваш jawr jar находится не на вашем пути сборки?
т.е. в простом Tomcat он автоматически загружается из / WEB-INF / lib /, тогда как Eclipse может ожидать его явного отображения.
Eclipse может ожидать, что он будет специально добавлен в путь сборки (в Package Explorer щелкните правой кнопкой мыши на Jar и «Добавить в путь сборки», или в проекте щелкните правой кнопкой мыши «Build Path»> настроить путь сборки)
Я думаю, что-то в этом роде. Трудно сказать наверняка без подробностей ...