Я не уверен, в чем ваша ошибка, но я бы порекомендовал вам уменьшить фоновый шум, чтобы вам было легче увидеть проблему. Под этим я подразумеваю следующее ...
Возьмите
exec('/usr/bin/pdftk A='. trim($original) .' cat A1 output '. trim($onepage), $output, $error);
var_dump($output); var_dump($error);
exec('/usr/bin/pdftk '. trim($onepage) .' background watermark.pdf output '. trim($modified), $output, $error);
var_dump($output); var_dump($error);
И сделать
$command1 = '/usr/bin/pdftk A='. trim($original) .' cat A1 output '. trim($onepage);
$command2 = '/usr/bin/pdftk '. trim($onepage) .' background watermark.pdf output '. trim($modified);
exec($command1, $output, $error);
var_dump($output); var_dump($error);
echo $command1;
exec($command2, $output, $error);
var_dump($output); var_dump($error);
echo $command2;
Таким образом, вы можете вырезать и вставить вывод команды, введенной в командную строку Unix, и, возможно, получить лучшее представление о том, что происходит на уровне Unix.