Вам необходимо установить видимость кнопок ссылок, которые вы хотите скрыть, равными false.
Перед тем, как начать цикл, установите все кнопки ссылок невидимыми:
arrlstUserRoles = (ArrayList)Session["Roles"];
lbtnRetailer.Visible = false;
lbtnCategory.Visible = false;
...
for (int j = 0; j < arrlstUserRoles.Count; j++)
{
if (int.Parse(arrlstUserRoles[j].ToString()) == 1)
{
lbtnRetailer.Visible = true;
}
...
}