1 - Вы в значительной степени правы. Я бы не сказал, что Apple «разрешает» приложения MonoTouch на платформе, просто они ничего не сказали публично, и в магазине приложений уже есть некоторые приложения MonoTouch. Это не значит, что они не начнут блокировать их всех завтра.
2 - Я не знаю много о внутренностях Mono Touch, но я бы предположил, что должны быть некоторые общие черты, которые есть в приложениях MT (то, как они раздувают двоичный размер, где-то должно быть немного общего) что Apple может использовать, чтобы выделить их. Конечно, это может потребовать невероятно значительных усилий с небольшой выгодой, и они, скорее всего, скорее потратят свое время на то, чтобы получить 3.2 и выше.
Я думаю, вы немного озадачены различием между инструментами, используемыми для разработки нативных приложений, и тем, какие плагины для браузера Apple хочет поддерживать в Safari. Совершенно разные понятия. Я думаю, вам следует прочитать недавнюю статью Джона Грубера , чтобы получить достаточно полную теорию о том, почему Flash никогда не будет на iPhone или iPad.