У меня были некоторые проблемы с пользовательским интерфейсом jQuery в GWT, потому что, например, массив не был расширен так, как требуется jQuery (UI?) (Обратите внимание, что код JSNI выполняется в песочнице = iframe). Попробуйте поместить проблемный код в функцию на HTML-странице main / host и вызвать его из кода Java / GWT через JSNI и $ wnd - если это поможет, то вы можете посмотреть на ту же проблему, с которой я столкнулся (в этом случае вы вероятно, придется "экспортировать" все ваши функции JSNI за пределы кода GWT и обернуть их в вызовы JSNI).
HTH, если нет, мы подумаем о чем-то еще;)