Для mysql есть настройка, позволяющая дифференцировать регистр в окнах. Вам нужно отредактировать файл my.cnf
и изменить настройки:
lower_case_table_names=2
Затем перезапустите mysql.
В противном случае это может быть случай изменения phpmyadmin в способе передачи запросов на сервер, а не проблемы linux-to-windows. Вы пробовали импортировать дамп sql с помощью другого менеджера mysql, такого как SQLyog ? (Инструменты -> Восстановить из SQL-дампа ...)