Что касается NetBeans, у него бесшовная совместимость с Maven и он распознает проекты Maven "из коробки".
В нашей среде мало кто из разработчиков склоняется к Eclipse. Итак, мы позволяем им придерживаться Eclipse. Все наши проекты основаны на Maven, и нет проблем с их открытием в Eclipse или NetBeans.
Даже если вы обнаружите, что они создали некоторые файлы, не регистрируйте эти файлы в своем репо.