Оконный проект предоставляет вам только окно и класс делегата приложения. Основанный на представлении дает вам оба из них, плюс начальный класс на основе UIViewController. Вы всегда можете добавить viewcontroller в оконный проект или удалить его из оконного проекта. Если вы только начинаете, я бы рекомендовал по крайней мере основанный на просмотре.