IIS не сразу запускает рабочие процессы ASP.NET (w3wp.exe), пока не поступит первый запрос. Когда вы говорите «не запущен», означает ли это, что вы пытаетесь получить доступ к некоторым веб-службам WCF (после iisreset), и вы получаете сообщение об ошибке службы недоступно, потому что appPool не может быть запущен? Видите ли вы какие-либо записи, связанные с IIS W3SVC, в журналах событий?
Если они есть, они могут подсказать вам, почему они не могут начать; разместите их здесь.