Основным преимуществом перехода на FastCGI является то, что ваше приложение будет работать в фоновом режиме, а не запускаться для каждого запроса. Если у вашего приложения много инициализации, вы можете значительно увеличить скорость, сократив это время.
Для потребуется переконфигурировать Apache, но это не сложно. И должно потребовать изменения вашего приложения, потому что теперь существует только один экземпляр на сервер, а не один экземпляр на запрос. Вам придется решить для себя, возможно ли это изменение; это действительно зависит от того, как ваш код структурирован.