Серверные элементы управления ASP.NET, как правило, более отшлифованы и абстрагированы и ведут себя больше как элементы управления в Windows Forms API. Элементы управления HTML более просты, с меньшим количеством абстракций для хранения состояния и более сырым интерфейсом для добавления атрибутов.
Элементы управления HTML могут быть включены в страницу в виде простых текстовых тегов, которые процессор ASP.NET выводит в точности так, как они написаны. Они также могут быть настроены на обработку ASP.NET путем добавления атрибута runat="server" к любому тегу HTML. После добавления этого атрибута и присвоения HTML-элемента управления идентификатора вы можете получить к нему программный доступ.
Использование одного или другого - это вопрос стиля или предпочтений. Главное, что нужно иметь в виду, это то, что вы не должны использовать одно или другое исключительно. Я работал в местах, где разработчики говорят «всегда пытайтесь использовать элементы управления ASP.NET» и в других местах, где разработчики говорят «избегайте элементов управления ASP.NET, когда это возможно». Нет действительно сильных аргументов, по крайней мере, которые я могу придумать, которые дают определенные примеры того, почему один или другой должен использоваться исключительно.