Определенно быстрее получить с подпапкой вариант. Наша DMS хранит файлы, основываясь на дате их создания, в структуре, например ./YYYY/MM/DD/HH/MM/, что было бы хорошо, если бы вы искали файл, если знаете его возраст.
Только представьте, что NTFS в Windows 2008 имеет каталоги, реализованные в виде списка. Если у вас есть 3.000.000 файлов, весь список нужно искать. Если у вас есть дерево, возможно, с 10 записями на уровень (вам нужна глубина 6, потому что у вас есть 3 * 10 ^ 6 файлов), доступ к отдельным файлам будет намного быстрее.
Если вы всегда хотите получить доступ ко всем файлам одновременно, например, для пакетной обработки все файлы в одной папке могут быть самыми быстрыми, но при этом не нужно случайно щелкать эту папку в Проводнике, кроме случаев, когда вам нужна причина, чтобы принести вам кофе:)