В итоге я использовал следующий метод создания второго растрового изображения с желаемым форматом пикселей и рисования исходного изображения на нем.
Bitmap *pTempBitmap = new Gdiplus::Bitmap(_Module.m_hInst, MAKEINTRESOURCE(lImageResource));
m_pGDIBitmap = new Bitmap(pTempBitmap->GetWidth(), pTempBitmap->GetHeight(), PixelFormat32bppARGB);
Graphics TempGraphics(pTempBitmap);
TempGraphics.DrawImage(m_pGDIBitmap, Point(0,0));